A tramitação processual a que está sujeito o registo de um CET, nos termos do Decreto-Lei n.º 88/2006, compreende cinco fases: 

1ª Fase – Apresentação do pedido ao Director-Geral do Ensino Superior (artigo 36.º);

2.ª Fase – Análise instrutória pela Direcção-Geral do Ensino Superior (de acordo com o definido no n.º 1 do artigo 37.º);

3ª Fase – Apreciação dos pedidos de registo pela Direcção-Geral do Ensino Superior (n.º 2 do artigo 37.º);

4ª Fase – Audição da Comissão Técnica (de acordo com a alínea e) do artigo 31.º);

5ª Fase – Decisão do Director-Geral do Ensino Superior (artigo 38.º) e publicação na 2.ª série do Diário da República (artigo 39º).